Diagnosis of pulmonary and extrapulmonary tuberculosis using an in-house PCR method in clinical samples from a middle-income resource setting / Diagnóstico de tuberculosis pulmonar y extrapulmonar mediante un método de PCR casera en muestras clínicas de una región de desarrollo intermedio

Introduction: PCR detection offers a good opportunity to obtain fast results which is a priority in tuberculosis control programs. Objectives: We assayed an in-house PCR method based on the detection of mycobaterial IS6110 gene in clinical samples of patients with pulmonary and extrapulmonary tuberculosis to demonstrate its usefulness and reliability in the setting of a middle-resource region with high tuberculosis prevalence. Materials and methods: Pulmonary (n=317) and extrapulmonary (n=41) samples were collected from 358 patients with clinical suspicion of tuberculosis. All samples were processed to detect acid-fast bacilli by microscopy, culture on solid media and PCR. To remove PCR inhibitors, three washing steps of the decontaminated pellet were included before mycobacterial cell lysis. Results: The overall sensitivity was 96% in clinical samples, and specificity was 100% for our in-house method in pulmonary and extrapulmonary samples. No inhibition was found among samples that were PCR negative, but culture positive for Mycobacterium tuberculosis. No false positives were found. Conclusions: In-house PCR in a middle-income setting region, with simple and strictly controlled methods, could efficiently complement conventional bacteriological tools for the rapid diagnosis of tuberculosis, especially in paucibacillary and extrapulmonary samples.

Introducción. La prueba de PCR ofrece la posibilidad de obtener resultados rápidos, una prioridad para los programas de control de la tuberculosis. Objetivos.Evaluar el método de PCR basado en la detección del gen IS6110 de las micobacterias en muestras clínicas de pacientes con tuberculosis pulmonar y extrapulmonar, para demostrar su utilidad y confiabilidad en un sitio de desarrollo medio con alta prevalencia de tuberculosis. Materiales y métodos. Se recolectaron 317 muestras pulmonares y 41 de origen extrapulmonar, de 358 pacientes con sospecha clínica de tuberculosis. Todas las muestras se procesaron para detectar bacilos ácido-alcohol resistentes por microscopía, cultivo en medio sólido y PCR. Para eliminar los inhibidores de la PCR se lavaron tres veces antes de realizar la lisis de la pared de la micobacteria. Resultados. La sensibilidad total fue de 96% y la especificidad de 100% para este método "casero" en muestras pulmonares y extrapulmonares. No se encontró inhibición entre las muestras que fueron negativas por PCR pero con cultivo positivo para Mycobacterium tuberculosis. No se hallaron falsos positivos. Conclusiones. La implementación de la PCR "casera" en regiones de desarrollo intermedio como método simple y estrictamente controlado, podría complementar eficientemente las herramientas bacteriológicas tradicionales para el diagnóstico rápido de la tuberculosis, especialmente en muestras paucibacilares y de origen extrapulmonar.

Diferenciación ee especie micobacteriana por ftir (espectroscopia infrarroja ccon transformada de furrier) / Differentiation of Mycobacterial Species by FT-IR (Fourier Transform Infrared Spectroscopy)

Se trabajó con espectroscopía infrarroja transformada de Fourier (FT-IR) para diferenciar diez especies de micobacterias. Mycobacterium intracelullare y M. fortuitum (ATCC), M. flavensces, M. smegmatis, M. chelone, M. gordonae, M. triviale, M. vaccae, M. terrae y M. nonchromogenicum (IP). Como control de diferenciación de género se incluyó Staphylococcus aureus, Streptococcus viridans y Streptococcus pyogenes, Klebsiella pneumoniae y Escherichia coli, cada especie se corrió por triplicado en KBr y ATR. Los espectros se analizaron según el método de diferenciación de componentes principales, y se realizaron derivadas de primer orden (D1) en modalidad de transmisión usando la pastilla de KBr y la base ATR, además se diseñó una biblioteca espectral con la primera derivada de ATR. La sensibilidad de detección fue de 100% al trabajar con KBr y el nivel de diferenciación fue de 100% en tres de cuatro muestras problema.

Spectroscopy Fourier Transform infrared (FT-IR) was used to differentiate 10 species of mycobacteria. Mycobacterium intracelullare and M. fortuitum (ATCC). M. flavensces, M. smegmatis, M. chelone, M. gordonae, M. triviale, M. vaccae, M. terrae and M. nonchromogenicum (IP). For gender differentiation Staphylococcus aureus, Streptococcus viridans and Streptococcus pyogenes, Klebsiella pneumoniae y Escherichia coli were incluided as controls, each species was run for triplicate in KBr and ATR. The spectra were analyzed with the method of principal components to make the first derivatives of first order (D1) in the transmission mode using KBr pellet and ATR base, and a spectral library of the first derivative of ATR was kept. The detection sensitivity was 100% with KBr and the level of differentiation was 100% in three of the four samples problems.

Prevalencia de tuberculosis infantil en Armenia, Colombia / Prevalence of childhood tuberculosis in Armenia, Colombia

Objetivo Determinar la prevalencia de tuberculosis (TB) infantil y los factores socio-demográficos asociados a esta población en el municipio de Armenia (Colombia). Metodología Se realizó un estudio descriptivo-retrospectivo en el cual se incluyeron pacientes con diagnóstico de TB menores de 14 años que fueron notificados al programa de TB en el municipio de Armenia y que iniciaron esquema de Tratamiento Acortado Estrictamente Supervisado (TAES) entre el 2000-2009. Resultados Se notificaron un total de 58 casos de TB, el mayor número de casos ocurrió en el 2009 (12 casos) seguido del 2008 (8 casos) y 2006 (7 casos) respectivamente, representando una elevada tasa de prevalencia (16,6 casos/100 000 habitantes). Las formas pulmonares tuvieron mayor proporción con 74 por ciento, de las cuales 34 por ciento fueron positivas a la baciloscopia (BK). El nexo epidemiológico se configuró en el 21 por ciento de los enfermos. En cuanto al egreso del programa de control de la TB el 5 por ciento de los pacientes finalizó con criterio de curado, 17 por ciento terminado, 4 por ciento transferidos, 7 por ciento fallecidos y en el 67 por ciento de los casos se desconoció el resultado del tratamiento. Conclusión La TB representa en la actualidad una causa importante de morbilidad y mortalidad infantil. Dada la buena cobertura de vacunación con BCG y que la mayoría de casos son pulmonares en este municipio, la alta tasa de casos de TB infantil estaría indicando fallas en la oportunidad para interrumpir transmisión reciente a partir de casos bacilíferos.

Objective To determine the childhood tuberculosis prevalence and its socio-demographics factors associated to this population in Armenia (Colombia). Methodology A retrospective-descriptive study was carried out; TB patients under the age of 14 years were included and notified to the TB control program in Armenia, those who started a Directly Observed Treatment Supervised (DOTS) scheme among from 2000 to 2009 years. Results 58 TB cases were described, most cases have occurred in 2009 (12 cases) followed by the 2008 (8 cases) and 2006 (7 cases) respectively. Thus, Armenia has a high rate of prevalence (16.6 cases/100 000 inhabitants). Pulmonary forms had greater proportion with 74 percent, of which 34 percent were positive to sputum examination revealed Acid-fast bacilli (AFB). Epidemiological link allowed confirmation of 21 percent of cases. TB treatment cohort revealed that 5 percent of patients were cured, finished 17 percent, transferred 4 percent, dead 7 percent and in 67 percent of cases the results were not documented. Conclusion Nowadays TB still an important cause of childhood morbidity and mortality. The good BCG vaccine covertures and the high prevalence of pulmonary forms in childhood TB indicates that the most plausible explanation for this high prevalence is a failure in early detection of bacilli positive patients to cut recent transmission in this municipality.